工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛，挑选具有某种能力的有用菌种。菌种的分离就是首先是从土壤或腐生植物中收集含菌样品，用无菌水稀释后，涂布于置有适宜细菌、放线菌或霉菌生长的琼脂培养基平皿上，并将其倒置于恒温箱中，培养一定时间，平皿上长出的许多单个菌落(单一微生物的集落)经分别分离后即为各种纯种菌株，简称纯种，移种至试管斜面培养基上，置4℃冰箱备用。

    ATCC菌种的孢子分离法：

    孢子分离法又可分为以下几种方法:

    ( 1 )褶上涂抹法:选取新鲜、健壮、未开伞、未破裂的子实体，洗净后用0 . 1 %升汞或75 %酒精表面灭菌2 分钟，然后连同培养基一起放入接种箱内，经福尔马林熏蒸消毒12 ~ 24 小时，再按无菌操作技术将接种环在子实体菌褶上涂抹，把涂抹后带孢子的接种环在培养基上划线接种，，zui后置于25 ~ 28 ℃恒温箱内培养，可得纯菌种。

    ( 2 )孢子印采集法:取灭过菌的载玻片、试纸或黑布，置于新鲜、未开伞或未开裂的子体菌褶的下方。经24 小时后，便落下孢子，形成印痕(即孢子印)。然后，用接种环或玻璃棒蘸取孢子，接种在平面或斜面培养基上，进行恒温培养，可得纯菌种。

    ( 3 )孢子收集器采集法:孢子收集器由玻璃钟罩、培养皿、三角架、搪瓷盘等组成。钟罩下为一搪瓷盘，直径25 厘米左右，盘内先垫衬4~6 层纱布，中央放1 副9 厘米直径的培养皿，大盖口朝下，上放小的，口向上。然后，在上面小的培养皿上放1 只铅丝绕成的三角架，再将带孔的玻璃钟罩盖上，顶上罩孔用棉塞塞好，zui后，用纱布包好整个孢子收集器，置于高压灭菌锅或蒸笼内灭菌2小时。

    孢子收集器灭菌消毒后，放入无菌室或无菌箱内。然后，用小刀割取1 块4~5 厘米大小的子实体，插在收集器内的三角架顶上(若无孢子收集器，也可用培养皿代替)。再置于温度24 ~26 ℃下培养24 小时，培养皿中便可见到白色粉状物，此即为孢子。此时，可将孢子收集器再移至接种箱内，取出培养皿，盖好，并在培养皿内加入10 ~ 20 毫升的无菌水，使孢子散于本中，成为孢子悬浮液。然后，再用无菌打针筒或吸管吸取孢子悬浮液，接种于试管斜面培养基上，每管注2 ~ 3 滴。置于24 ~ 26 ℃温度下培养5 ~ 7 天，培养基上便可长出白色菌落。待菌落直径有0 . 5 厘米时，选健壮的菌落，再移接于另一试管的斜面培养基上培养。当白色菌丝长满试管时，便得纯菌种。